Reseña histórica
Primera Etapa:
El 6 de Marzo de 1946, con cuatro (4) cursos de primaria, nace la Institución con el nombre “San Luis Beltrán”, nombre sugerido por Monseñor Pacheco, y como respuesta a los R.P. Agustinos Recoletos a los deseos del excelentísimo señor Obispo de la Diócesis de Santa Marta, Monseñor Bernardo Botero Álvarez quién recogía el clamor unánime de la ciudadanía samaria, encabezada por la Cofradía del Carmen y su dinámica presidenta, Doña Ana Rebeca de Bonivento. Fue su primer Rector el R.P. Julián Ongay.
Segunda Etapa:
A fines de 1946 son encargados del Colegio los Frailes Menores, por retiro de la ciudad de los R.P. Agustinos.
Siendo Superior Provincial de los Franciscanos el R.P. Francisco María Roldán en 1947 se reanudaron las clases bajo la dirección de los Franciscanos. Además de la primaria se abrieron los primeros cursos de bachillerato, siendo su primer Rector el R.P. Fray Ernesto Rojas. En 1957 la primera promoción de Bachilleres, siete en total. En Febrero 1958 se traslada el Bachillerato a la nueva sede. En el año 2.003, el Colegio San Luis Beltrán implementa la modalidad de educación mixta, inicialmente en los grados de Preescolar, Primero y segundo de Educación Básica primaria, ampliándose hasta grado quinto para el año 2005. El 30 de Julio de 2008, el Colegio San Luis Beltrán, recibe de ICONTEC la certificación ICONTEC -ISO 9001:2000. El 28 de noviembre de 2008, se proclama la primera promoción mixta de bachilleres, con la inclusión de las primeras damas graduadas por la institución.
Para el colegio es motivo de orgullo contar con un privilegiado grupo de exalumnos, quienes han ocupado cargos como: Gobernadores, Alcaldes, funcionarios a nivel nacional, Connotados militares, religiosos, académicos, juristas y reconocidos miembros del comercio y la sociedad samaria, Magdalenense y colombiana. Hasta el año 2011 el colegio ha proclamado cincuenta y cinco promociones de Bachilleres.